5V sind schon sehr niedrig, das dürfte sich wohl leider bemerkbar machen :/
Das CTEK Ladegerät ist ausserdem für Blei-Säure-Batterien entwickelt, da solltest Du wohl besser über eine Alternative nachdenken...
Näheres zb. hier:
http://www.ctek.com/de/de/page/support/faqKann ich mit meinem CTEK-Ladegerät Lithium-Ionen-Batterien laden?
Unsere Ladegeräte haben eine auf Blei-Säure-Batterien abgestimmte Ladekurve. Wir haben Berichte aus aller Welt erhalten, nach denen unsere Ladegeräte auch für Li-Ionen-Batterien eingesetzt werden; dies liegt jedoch außerhalb unserer Ladegerät-Empfehlungen. Wenn Sie die Handbücher von Li-Ionen-Batterien lesen, werden sie erstaunt sein, wieviele unserer Ladegeräte zu 4x Li-Ionen-Batterien passen. Wir können jedoch hierfür keine perfekte Funktion garantieren; Sie übernehmen das Risiko und die Haftung, wenn Sie das Ladegerät mit diesen Batterietypen betreiben. Lithium ist ein extrem reaktionsfreudiges Material, und die Batteriehersteller investieren enorme Entwicklungsanstrengungen in die Steuerung und Überwachung dieser Batterien. Betrachten Sie CTEK-Ladegeräte als eine intelligente Kraftquelle, für die CTEK ausschließlich für den Betrieb mit Blei-Säure-Batterien die Haftung übernimmt.
Zur Tiefenentladung:
Die nominelle Kapazität einer Batterie bezieht sich auf eine Entladung bis zu einer bestimmten Restspannung von üblicherweise 10,5V - bei dieser Restspannung wird die Batterie als "leer" angesehen, ist es jedoch noch lange nicht. Wird eine Batterie noch weiter entladen spricht man von einer Tiefentladung. Jede Tiefentladung schädigt eine Batterie. Zu allem Überfluss addieren sich diese Schädigungen: Bei einer Tiefentladung geht aktive Masse verloren (wir erinnern uns dass eine Batterie aus zwei Komponenten - Blei und Schwefelsäure - besteht, deren Reaktion Strom erzeugt). Ab etwa 80 Prozent Entladetiefe läuft dieser Prozess überproportional schnell ab, die Schädigung ist entsprechend. Ist die Batterie weit entladen setzt Sulfatierung ein; wenn die Batterie nicht unmittelbar nach der Entladung geladenwird kann dies innerhalb kurzer Zeit dazu führen, daß die Batterie keine Ladung mehr annimmt und unbrauchbar wird. AGM- und Gel-Batterien sind zwar wesentlich robuster gegen Tiefentladung, jedoch bei weitem nicht immun.
Edit: Oh, da hat mich jemand hergebrannt...
hatte und das Moped nicht zum Leben erweckt hat. 
